Comenzó siendo una aldea del Alfoz de Uceda propiedad del Arzobispado de Toledo. Encontrando las primeras referencias coincidiendo con la reconquista por parte de los cristianos a finales del siglo XI.

En el siglo XVI el Alfoz paso a manos de la Corona, en aquel momento bajo el reinado de Felipe II. Es este monarca el que concede a Villaseca de Uceda, como al resto de aldeas, el privilegio de villazgo.

De esta época, principios del XVI, es la Iglesia Parroquial de San Miguel Arcangel. Renacentista con una única nave y robusta espadaña. Levantada con muros de sillería hasta un metro de altura para continuar con paramentos de cantos y mortero de cal. En el costado sur se encuentran la sacristía, adosada al altar, así como un pórtico con estructura de madera. Merece una mención especial la escalera de caracol de piedra labrada que da acceso desde el coro hasta el campanario.

Durante la Guerra Civil Española y dada la relativa cercanía del frente, se levantó un refugio antiaéreo, que aún se conserva, junto a la zona utilizada para el despegue y aterrizaje de aviones (ahora Campo de Aviación).